海南热带海洋学院三亚校区位于海南省三亚市育才路1号，原名为琼州学院三亚校区，2015年随学校更名改为现称。
该校区于2008年1月10日开工建设。2008年9月，学校外语系、计算机系等5个院系的3500余名学生首批入驻三亚校区 。2009年，学校主校区由五指山市搬迁至三亚市 。2009年后，学校办学重心逐步向三亚校区转移，但截至2022年，学校仍有部分专科专业新生在五指山校区报到 。校区内设有旅游学院（含旅游管理、酒店管理等本科专业及MTA硕士点），并建有海岛旅游资源数据挖掘与监测预警技术文化和旅游部重点实验室。
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