百日咳杆菌（Bordetella pertussis）是引发百日咳的革兰氏阴性卵圆形短小杆菌，大小为0.5～1.5×0.2～0.5um，属产碱杆菌科鲍特氏菌属。该菌无鞭毛芽孢，甲苯胺蓝染色可见两极异染颗粒，需氧特性显著，最适生长温度35℃-37℃，在鲍-金氏培养基上形成细小圆形银灰色菌落，周围呈现模糊溶血环。液体培养呈均匀混浊生长并伴粘性沉淀，具荚膜和脂多糖等致病因子，通过飞沫传播引发阵发性痉挛咳嗽，易引发婴幼儿重症。
1906年比利时学者鲍台和让古首次分离该菌。百日咳杆菌存在Ⅰ相至Ⅳ相的相变异现象，急性期分离菌株多呈Ⅰ相，具毒力且用于疫苗制备。预防采用白百破三联疫苗，治疗以红霉素为主，青霉素无效。 诊断方法包括鼻咽拭子培养、实时荧光PCR检测及血清PT-IgG抗体检测，全基因组测序用于菌株分析。 近年来青少年及成人发病率上升，检测技术改进和无细胞疫苗应用成为防控重点。
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