单核RNA测序技术（snRNA-seq）是一种高通量测序技术，指对分离的单个细胞核进行转录组测序 ，作为单细胞RNA测序技术的延伸 。其使用细胞核进行测序，适用于新鲜和冷冻样本，能减少人为引入的转录偏好，并提高细胞类型回收的全面性 。该技术于2017年由张锋和Aviv Regev团队开发出DroNc-Seq方法，同年张鹍教授团队开发了snDrop-seq技术 。
2023年，浙江大学郭国骥/韩晓平等课题组发布了高通量、高灵敏度的单细胞核总RNA测序方法snHH-seq 。2026年，中国科学院等团队开发了整合单核RNA测序的体内高通量功能获得性扰动测序平台iGOF-Perturb-seq 。黄荷凤团队通过整合高分辨Stereo-seq与单核RNA测序技术，绘制了全球首个人类胚胎早期器官发生阶段时空转录全景图 。该技术持续向多组学整合方向发展 。
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