双杂交系统是一种遗传学术语，用于研究蛋白质-蛋白质相互作用。
该系统基于转录因子（如GAL4）的DNA结合域（BD）与转录激活域（AD）分离原理；当诱饵蛋白与猎物蛋白相互作用时，BD与AD靠近激活报告基因（如HIS3、LacZ）表达。 该系统在真核模式生物酵母中进行，对蛋白质之间微弱的、瞬间的作用也能够通过报告基因的表达产物敏感地检测得到。 核心组件包括诱饵载体、猎物载体和带有报告基因（如HIS3、URA3、LacZ、ADE2）及相应缺陷型的报告系统宿主菌株。 酵母双杂交技术是解析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)的核心工具之一 双杂交系统应用于检测互作、筛选新蛋白及绘制与构建互作图谱。
1989年由Fields和Song首次建立酵母双杂交系统。 随后衍生出单杂交系统、三杂交系统、逆向双杂交系统、细菌双杂交系统、哺乳动物双杂交系统和膜蛋白双杂交系统等。
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