蛋白质顺序分析（protein sequencing）是测定蛋白质多肽链氨基酸排列顺序的分析方法，常用技术包括埃德曼降解法、质谱法。该过程涵盖蛋白质纯化、分子量测定、辅基分析、氨基酸定量组成分析、末端分析、拆开二硫键、肽链裂解与纯化、接头肽连接及二硫键定位等环节，通过质谱法可识别末端封闭或修饰的蛋白质，纳米孔技术利用解旋酶控制DNA-多肽复合物通过纳米孔实现单分子检测。
1951-1955年弗雷德里克·桑格完成牛胰岛素测序获1958年诺贝尔化学奖。1958年摩尔与斯坦发明氨基酸全自动分析仪获1972年诺奖。1960年核糖核酸酶成为首个完成测序的酶类蛋白质。2018年德克萨斯大学开发单分子荧光测序方法，2022年Quantum-Si公司推出半导体芯片蛋白质测序系统。 2023年，黄硕课题组构建的工程化MspA纳米孔实现了全部20种蛋白质氨基酸及其翻译后修饰的直接检测和区分。 2024年，研究者开发了基于纳米孔和解折酶ClpX的PASTOR技术，能够对长达数百个氨基酸的完整蛋白质链进行单分子测序并识别翻译后修饰。 清华大学白净卫课题组通过改进纳米孔测序技术实现17个氨基酸长度多肽检测，并于2025年揭示多肽以拉伸固定的构象通过纳米孔是实现单氨基酸辨识测序的必要条件。
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